代表成果 |
农业微生物学国家重点实验和微生物农药国家工程研究中心固定成员，主要研究方向为农业有益微生物资源的高效挖掘与智能开发。以生物信息学和微生物学为主要研究手段，围绕种质资源的高效筛选、功能基因的快速鉴定、应用潜力的智能评估、有用资源的定向优化、应用过程的动态监控等关键环节打造数据链并且创新研究方法，助力农业微生物资源的精准化发掘与智能化应用。 主要成果包括：（1）开发出新型农业微生物资源发掘的生物信息平台，建立了世界级的杀虫微生物种质和基因资源库，推动了第一个杀植物寄生线虫的芽胞杆菌农药HAN055获得新农药登记证，并依托行业内龙头企业成功上市。（2）彻底厘清了原乳酸杆菌属的分类学问题，揭示了罗伊氏粘液乳杆菌与不同脊椎动物共生演化的进化机制，为乳酸菌资源的有针对性发掘提供了理论基础，促进了合作企业建立国内最大之一的益生菌资源库。 先后发表SCI论文60余篇，单篇被引超过1000次；主持国家自然科学基金3项，博士后基金2项，横向项目2项。
主持的科研项目： 1. 国家自然科学基金面上项目，基于基因组学的芽胞杆菌科的分类、生态与进化研究，2020/01-2023/12，58万，在研，主持 2. 国家自然科学基金面上项目，苏云金芽胞杆菌H-血清型决定的遗传基础研究， 2018/01-2021/12，64万，在研，主持 3. 国家自然科学基金青年基金，基于基因组学的苏云金芽胞杆菌资源的多样性研究, 2016/01-2018/12，18万，已结题，主持 4. 山东鲁抗生物农药公司横向项目子课题，2022/04-2025/12，200万，在研，主持
代表性论文：
(1) Dai D#, Xie C#, Zhou Y, Bo D, Zhang S, Mao S, Liao Y, Cui S, Zhu Z, Wang X, Li F, Peng D*, Zheng J*, Sun M*. 2023.Unzipped chromosome-level genomes reveal allopolyploid nematode origin pattern as unreduced gamete hybridization. Nat Commun, Accept. (2) Zhang D#, Li X#, Wu Y, Xu X, Liu Y, Shi B, Peng Y, Dai D, Sha Z*, Zheng J*. 2023. Microbe-driven elemental cycling enables microbial adaptation to deep-sea ferromanganese nodule sediment fields. Microbiome, 11(1):160. (3) Jin X, Liu S, Zhang Z, Liu T, Li N, Liang Y, Zheng J*, Peng N*. 2023. Enrofloxacin-induced transfer of multiple-antibiotic resistance genes and emergence of novel resistant bacteria in red swamp crayfish guts and pond sediments. J Hazard Mater, 443(Pt B):130261. (4) Li F, Li X, Cheng CC, Tollenaar S, Simpson DJ, Tasseva G, Perez-Muñoz ME, Frese S, Gänzle MG*, Walter J*, Zheng J*. 2023. A phylogenomic analysis of Limosilactobacillus reuteri reveals ancient and stable evolutionary relationships with rodents and birds and zoonotic transmission to humans. BMC Biol, 21(1):53. (5) Liu H, Zheng J*, Bo D, Yu Y, Ye W, Peng D, Sun M*. 2022. BtToxin_Digger: a comprehensive and high-throughput pipeline for mining toxin protein genes from Bacillus thuringiensis. Bioinformatics, 38(1):250-251. (6) Zheng J#, Wittouck S#, Salvetti E#, Franz C, Harris HM, Mattarelli P, O’Toole PW, Pot B, Vandamme P, Walter J, Watanabe K, Wuyts S, Felis GF*, Gänzle MG*, Lebeer S #. 2020. A taxonomic note on the genus Lactobacillus: Description of 23 novel genera, emended description of the genus Lactobacillus Beijerink 1901, and union of Lactobacillaceae and Leuconostocaceae. Int J Syst Evol Microbiol, 70(4):2782-2858. (ESI高被引，2021年ESI热点论文，被引超过1900次) (7) Wang W#, Hu H#, Zijlstra R, Zheng J*, Gänzle M*. 2019. Metagenomic Reconstructions of Gut Microbial Metabolism in Weanling Pigs. Microbiome, 7(1):48. (8) Zheng J, Gao Q, Liu L, Liu H, Wang Y, Peng D, Ruan L, Raymond B, Sun M*. 2017. Comparative Genomics of Bacillus thuringiensis Reveals a Path to Specialized Exploitation of Multiple Invertebrate Hosts. mBio, 8 (4):e00822-17. (9) Zheng J, Gänzle MG, Lin XB, Ruan L, Sun M*. 2015. Diversity and dynamics of bacteriocins from human microbiome. Environ Microbiol, 17(6): 2133–2143. (10) Zheng J, Ruan L, Sun M, Gänzle MG*. 2015. Genomic analysis of lactobacilli and pediococci demonstrates that phylogeny matches ecology and physiology. Appl Environ Microbiol, 81(20): 7233-7243.
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