(图文|欧阳思卓)4月22日下午,希腊Institute of Informatics and Telecommunications, NCSR Demokritos研究团队的Anastasia Krithara博士应公司夏静波副教授邀请,通过线上线下结合方式,做了题为“iASiS Open Data Graph: Automated Semantic Integration of Disease-Specific Knowledge”的学术报告,报告由夏静波主持,相关教师和员工参会。
报告中,Anastasia Krithara博士首先介绍了iASiS Open Data Graph(iODG)功能,从哪些数据库中获取文献的摘要或者全文,语义集成的方法,文献分析的方法,例如用MetaMap提取UMLS概念,用SemRep提取UMLS概念之间的SN(semantic network)关系,添加“Mentioned In”关系连接UMLS概念与相应的文章等。然后,Anastasia Krithara博士介绍了“The Integrated Graph”,图中每个关系都保留了详细来源信息,并且当从任何资源中获得新知识时,图会不断更新。同时还展示了他们的部分研究成果,从Disease Ontology(DO),Gene Ontology(GO),MeSH hierarchy和DrugBank等四种结构化资源中获得的知识也被整合到每个特定疾病的数据图中。Anastasia Krithara还介绍了开发集成知识的图结构,并探讨了是否所有的结点信息都是有用的,iASiS ODG分析了链路预测(Drug-drug interactions),它在知识图谱中预测药物的相互作用,以及错误检测,包括生物医学知识图中的噪声和错误识别,并且引入了机器学习。
提问环节,师生与报告人就“文本挖掘方法中的疾病特异的语义关系精确提取”、“知识图谱Drugbank数据库药物-药物关系类别”、“数据隐私和数据获取”等问题展开讨论。
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