（文|通讯员杨彦波）近日，公司龚静教授研究团队在《Nucleic Acids Research》（IF：11.1）杂志先后发表题为《ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types》和《SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers》2篇文章。系列文章对多种癌症中遗传变异的功能进行深入分析，发现了大量可调控ncRNA和可选择性多聚腺苷酸化（APA）的遗传变异位点，构建了在线数据库，方便其他研究者使用。
第一篇文章龚静教授为通讯作者，张红雨教授研究生李姜为第一作者。大量研究表明，非编码RNA（ncRNA）在生物学过程中具有重要功能，一些遗传变异（SNP）可通过影响ncRNA表达而导致疾病。目前虽然有一些ncRNA得到深入研究，但绝大多数ncRNA的功能仍有待解析。该研究中，作者基于TCGA的癌症多组学数据和全基因组关联分析（GWAS）数据，开发了新的生物信息计算方法，系统鉴定了能影响ncRNA（包括lncRNA和miRNA）的表达数量性状基因座(ncRNA-eQTL)，并进一步整合了GWAS数据和临床信息，鉴定了与GWAS表型或临床信息相关的ncRNA-eQTL，并搭建了ncRNA-eQTL的数据平台（http://ibi.hzau.edu.cn/ncRNA-eQTL/ ）。用户可通过ncRNA-eQTL数据库查询和下载所有ncRNA-eQTL结果，包括不同癌症类型的顺式和反式ncRNA-eQTL、患者存活时间相关的ncRNA-eQTL，GWAS 相关的ncRNA-eQTL。此外，该平台提供批量查询功能，可跨癌症类型比较多个功能性ncRNA-eQTL或基因。该平台为探索SNP、非编码RNA和癌症表型之间的关联及其潜在的生物学机制提供极大便利。
第二篇文章龚静和华中科技老员工科院郭安源教授为共同通讯作者，公司硕士生杨彦波和华科博士后张琼为共同第一作者。可选择性多聚腺苷酸化（APA）可通过识别转录本上不同的PolyA加尾信号，使转录本具有不同长度的3’端非翻译区（3’UTR），从而影响其生物学功能。SNP是人类遗传变异的最常见类型，在人类复杂性状和疾病中发挥重要作用。近来发现，一些遗传变异可造成APA功能失调，APA也与癌症的发生发展密切相关。
作者利用公共数据库多种癌症样本的基因型数据和APA数据，通过生物信息学方法系统鉴定了影响APA事件的遗传变异（apaQTL），并根据基因调控方式定义了顺式和反式apaQTL。作者进一步整合GWAS数据，鉴定了落在GWAS区域的tag SNP及其连锁不平衡LD区域中的apaQTL，并利用样本的临床信息鉴定预后相关的apaQTL。作者搭建了SNP2APA数据库展示这些结果（http://gong_lab.hzau.edu.cn/SNP2APA#!/），同时设计了软件在线预测SNP对多聚腺苷酸化信号的影响。研究者相信，该数据库将成为APA和SNP等研究领域的重要资源。
据悉，论文通讯作者龚静教授及其团队在遗传变异的功能预测和实验验证、数据整合以及数据库构建、高通量测序数据分析方面有深入研究。近年来，在Annals of oncology、Nucleic Acids Research、Cell Reports、Carcinogenesis、European journal of cancer等杂志发表SCI文章20余篇，累计影响因子超100分，其中多篇评为ESI高被引论文，单篇引用达200余次。
文章地址：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz711/5549714
https://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkz793/5568208