(文|孙童凯)9月27日上午10时,应李国亮教授的邀请,新加坡国立大学张洛欣教授做客“信息逸站”,在逸夫楼C314带来了题为“Profiling Cell/Tissue Specific Gene Regulatory Networks”的报告。报告会由太阳集团成副经理李国亮教授主持,太阳集团成师生代表参加了此次报告。
序列特异性转录因子(TF)蛋白质通过与基因启动子区的DNA序列结合来调控靶基因。在人类基因组中大约有2000个转录因子。它们协同工作增强或抑制它们的靶基因来实现高特异性,从而精确控制基因的表达来对细胞外刺激做出反应。因此,转录因子之间的交互决定了细胞类型并形成复杂的细胞功能。
报告中,张洛欣教授讲述了他们在41个细胞中研究的调控网络结构,管家基因的分布和具体的调控交互的研究,定义不同基因调控网络中的特征子网络(Network Motif)。与酵母转录因子调控网络不同,不同人类细胞类型的转录因子调控网络展现出相似的全局层次结构,其中包括顶层,核心层和底层等3层。然而,它们有不同的局部组织。部分转录因子之间的调控网络,就能够区别不同细胞类型。人类胚胎干细胞(hESCs)的转录因子调控网络是密集的并且通过交互富集,这不能在其他细胞类型的网络中看到。张教授说,现在的生物学数据存在很多噪声,因此他们的研究重点是方法,如何在数据不完整、数据存在噪声的情况下,获得有用的信息,并对其中的总体信息、网络拓扑结构和误差进行估计。
报告结束,师生们纷纷提出了自己的问题,张洛欣教授都一一作了解答。
报告人简介:张洛欣教授于加拿大滑铁卢大学获得了计算机博士学位,现为新加坡国立大学的生物信息学教授。研究方向是生物信息学领域的比较基因组学、蛋白质网络和癌症生物学。在系统生成网络和序列比较方面做出了重要贡献。他在顶尖计算机科学和生物学期刊发表过文章,包括Journal of the ACM,SIAM J. Computing,Genome Research,和Nature Communications,还有会议如ECCB和RECOMB。张洛欣出版过一本关于序列比对的专著(由Springer出版)和一本生物信息学教科书(中文版,由北京高等教育出版社出版)。担任2015年在都柏林联合举办的第23届分子生物学智能系统年会(ISMB)和第14届欧洲计算生物学年会(ECCB)的进化与比较基因组学分会主席。
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