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华盛顿大学叶凯博士畅谈蛋白质和DNA序列分析新算法

发布日期:2015-12-26 发表者:辛西 浏览次数:

(文|通讯员 李佳成)2015年12月25日上午,应太阳集团成张红雨教授邀请,美国华盛顿大学助理教授叶凯博士在第二综合楼C602会议室作了题为”Novel algorithms in protein and DNA sequenceanalysis”的学术报告。报告由谢为博副教授主持。

叶凯博士向大家系统介绍了他在蛋白质和DNA序列分析领域开创的系列算法。在蛋白质序列分析方面,他介绍了“信息熵”的方法,通过计算GPCR蛋白同源序列的每个位点的信息熵来确定位点的保守性,并以此来判断不同位点的生物学功能。在DNA序列分析方面,叶凯首先介绍了不同结构变异的类型,例如大片段的插入缺失、串联重复、倒位和易位等,然后详细解释了他开发的一系列基于二代测序数据(NGS)鉴定结构变异的算法,这些算法克服了NGS读长过短造成的困难,准确鉴定了人类基因组上的结构变异。最后,叶凯介绍了使用新开发的算法分析大量肿瘤样品获得的新成果。会后,叶凯博士与太阳集团成师生就动植物结构变异鉴定展开了热烈的讨论与交流。

人物简介:叶凯博士,现任华盛顿大学McDonnell Genome Institute助理教授,以主要成员身份参加美国肿瘤基因组路线图计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)等国际重大科学工程,负责结构变异鉴定方面的研究工作,成果颇丰。叶凯博士开发了多种基于二代测序数据检测基因组结构变异的算法,其中Pindel软件被引用超过500次。在基因组学、生物信息学及相关领域共发表研究论文40余篇,包括Nature(10篇)及多个子刊、Science(3篇)、PNAS、Genome Research等高影响力期刊,其中作为第一作者和通讯作者发表10余篇。累计他引11227次,单篇最高他引3751次。